Theo Điểm 4.7 Phụ lục I, Chứng từ thanh toán qua Ngân hàng Ban hành kèm Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010; Điểm 1.3.c mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính; Điểm 3.b8 Điều 16 Thông tư 06/2012 ngày 11/01/2012:
Trường hợp thanh toán qua Ngân hàng nhưng số tiền thanh toán trên chứng từ thấp hơn số tiền phải thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng và Công ty bán hàng giải trình được lý do, cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về sự khai báo thì được coi là thanh toán qua Ngân hàng. Công ty bán hàng được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của lô hàng bán nếu đáp ứng điều kiện theo quy định tại điểm 1.3.c mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.
